O Conselho de Capelania da Igreja mantém a assistência religiosa em hospitais e órgãos públicos. O objetivo principal da Capelania é, através de aconselhamento, dar estímulo ou orientações a pessoas que enfrentam perdas, crises ou depressão. Enfermidades, conflitos interiores, problemas emocionais, tensões interpessoais são tratados através da assistência espiritual pelos capelães da igreja. O responsável pela Capelania da Assembléia de Deus - Missões é o Pastor Samuel Laurenio Gomes.